Prema rezultatima epidemioloških istraživanja, oko 0,2%-0,7% opće populacije ima kronični hepatitis B, a oko 0,5%-0,9% protutijela na hepatitis C.

Osobe koje injektiraju droge čine glavnu skupinu s povećanim rizikom za hepatitis C, s prevalencijom od 37% do 60% prema podacima istraživanja prevalencije HIV-a, hepatitisa C i rizičnih ponašanja kod osoba koje injektiraju droge u Republici Hrvatskoj provedenog u 2022.

Prema procjenama epidemioloških istraživanja, u Hrvatskoj oko 25000 osoba ima kronični hepatitis B, a oko 40000 osoba su nosioci protutijela na hepatitis C.

Prema procjenama matematičkih modela oko 12000 osoba treba se liječiti od hepatitisa C.

Na temelju prijava zaraznih bolesti u registar zaraznih bolesti Hrvatskog zavoda za javno zdravstvo (HZJZ), posljednjih pet godina prosječno se u Hrvatskoj zabilježi godišnje 44 oboljelih od hepatitisa B i 119 oboljelih od hepatitisa C.

U 2020. i 2021. godini uslijed reorganizacije zdravstvenog sustava i aktivnosti usmjerenih na prevenciju pandemije COVID-19 zabilježeno je manje slučajeva hepatitisa B i hepatitisa C nego prethodnih godina (godišnje 23 slučaja hepatitisa B i 103 odnosno 81 slučaj hepatitisa C).

U 2022. godine, zabilježene su 23 osobe oboljele od hepatitisa B, a od hepatitisa C 19 osoba.

Broj novooboljelih od hepatitisa B u Hrvatskoj je kontinuirano u padu nakon uvođenja cijepljenja protiv hepatitisa B u nacionalni program cijepljenja.

U Hrvatskoj se protiv hepatitisa B od 1999. godine rutinski cijepe djeca u dobi od 12 godina, a od 2007. godine i dojenčad.

U Hrvatskoj nisu zabilježeni slučajevi hepatitisa D.

Broj oboljelih od hepatitisa A bitno se smanjio u posljednjih 60-ak godina čemu su značajno doprinijeli poboljšani uvjeti života i uspješne preventivne mjere u održavanju osobne i komunalne higijene i sanitacije.

Javlja se kao pojedinačan slučaj bolesti ili u sklopu manje epidemije.

Veći broj oboljelih od uobičajenih pet do dvadesetak slučajeva godišnje zabilježeno je 2017. i 2018. godine, kada je bilo 96 odnosno 47 oboljelih od hepatitisa A u sklopu epidemije koja se iz Europe proširila u Hrvatsku, kada se značajan udio oboljelih zarazio spolnim putem među muškarcima koji imaju spolne odnose s muškarcima (MSM).

U 2022. godini također je zabilježen porast oboljelih od hepatitisa A, kada je zabilježeno 207 oboljelih.

Dio oboljelih zarazio se zaraženom hranom, a dio spolnim kontaktom s oboljelim osobama (uglavnom MSM populacija).

Hepatitis E bilježi se sporadično, do pet oboljelih godišnje, u 2022. godini dva oboljela, obično u osoba koje su u profesionalnom kontaktu sa svinjama kao i putnika u endemske krajeve.

Osobe koje su bile ili misle da su bile u riziku za zarazu hepatitisom B ili C mogu se anonimno i besplatno testirati u Centrima za anonimno i besplatno testiranje u Zavodima za javno zdravstvo i HZJZ-u te Klinici za infektivne bolesti "Dr. Fran Mihaljević" Zagreb.