Kao najbolja praksa na razini Europske unije ocijenjeni su sljedeći indikatori poslovanja HALMED-a: suradnja s dionicima, alat sustava kakvoće, sustav suradnje među ustrojstvenim jedinicama, godišnja procjena uspješnosti poslovanja, ocjena stanja kibernetičke sigurnosti, sustav za osiguranje usklađenosti regulatornih odluka u odobravanju lijekova, učinkovit sustav nacionalnih znanstvenih savjeta koje agencija daje tijekom razvoja lijeka i sustav za planiranje inspekcija.

Program ocjenjivanja pod nazivom Benchmarking of European Medicines Agencies (BEMA) provodi tijelo Heads of Medicines Agencies (HMA). Cilj programa BEMA je procijeniti trenutačni rejting agencije, identificirati najbolje prakse u pojedinim europskim agencijama te pružiti prijedloge za daljnja poboljšanja u poslovanju.

Iznimnim rezultatima HALMED se kontinuirano pozicionira u sam vrh agencija u europskoj regulatornoj mreži lijekova. Ovaj je rejting najnovijim uspjehom potvrđen te dodatno povećan zahvaljujući značajnom angažmanu HALMED-ovih stručnjaka te kontinuiranim poboljšanjima i unaprjeđivanju rada HALMED-a.