x
x

Sekvenciranje SARS-CoV-2

  22.02.2022.

Virusi su podložni stalnim promjenama kroz mutacije pri umnažanju. Iako većina mutacija neće značajno utjecati na karakteristike virusa, neke mutacije ili njihove kombinacije mogu dovesti do izmjene određenih karakteristika virusa. Ovisno o tom utjecaju, varijante SARS-CoV-2 dijelimo u varijante koje izazivaju zabrinutost (variant of concern-VOC), varijante od značaja (variant of interest- VOI) i varijante pod nadzorom (variants under monitoring).

Sekvenciranje SARS-CoV-2
U prvom tjednu siječnja udio omikron varijante u ukupnom broju sekvenciranih uzoraka bio je 56,4%, da bi u zadnjem tjednu siječnja 2022. godine udio omikron varijante dosegao 98,9%.

Virusi su podložni stalnim promjenama kroz mutacije pri umnažanju. Iako većina mutacija neće značajno utjecati na karakteristike virusa, neke mutacije ili njihove kombinacije mogu dovesti do izmjene određenih karakteristika virusa pa tako i novog koronavirusa (SARS-CoV-2) koje mu omogućavaju veću sposobnost širenja ili utječu na težinu kliničke slike i/ili izbjegavanje postojećeg imunološkog odgovora.

Ovisno o tom utjecaju, varijante SARS-CoV-2 dijelimo u varijante koje izazivaju zabrinutost (variant of concern-VOC), varijante od značaja (variant of interest- VOI) i varijante pod nadzorom (variants under monitoring).

VOC su one varijante za koje postoje jasni dokazi da mutacije u njima imaju značajan utjecaj na sposobnost širenja virusa, težinu bolesti i/ili imuni odgovor te će vjerojatno imati utjecaj na epidemiološku situaciju u područjima gdje su dokazane. Klasifikacija ovih varijanti nije usaglašena, a RH prati klasifikaciju ECDC-a (eng. European Centre for Disease Prevention and Control).

VOI su one varijante za koje su dostupni podaci o genomskim obilježjima te za koje epidemiološki i in-vitro pokazatelji ukazuju na značajan utjecaj na sposobnost širenja virusa i utjecaja na težinu kliničke slike i/ili izbjegavanja imunološkog odgovora. Navedeni pokazatelji su međutim još u preliminarnoj fazi istraživanja ili ne postoje jasni dokazi o njihovom značaju.

Varijante pod nadzorom su one za koje postoje indikacije da dijele svojstva slična onima koje imaju VOC, ali su dokazi za to nepotpuni ili još ne postoje detaljne analize od strane ECDC. Navedene varijante moraju biti povezane bar s jednom lokalnom epidemijom, dokazane su unutar EU/EEA ili moraju postojati dokazi o prijenosu unutar zajednice negdje u svijetu.

U suradnji s ECDC-om, HZJZ od 09.02.2021. jednom tjedno šalje dio pozitivnih uzoraka iz RH, slučajno ili ciljano odabranih prema preporukama ECDC-ja za genomsko praćenje SARS-CoV-2 odabranih reprezentativnih ili ciljanih pozitivnih uzoraka, na sekvenciranje u laboratorij Eurofins u Njemačkoj. Na taj je način RH do 21.02.2022. godine uspješno sekvencirala 29544 uzoraka.

HZJZ je početkom prosinca 2021. godine proveo hitno sekvenciranje 11 suspektnih uzoraka i potvrdio pojavu omikron varijante u RH.

Od ukupnog broja pozitivnih uzoraka uzorkovanih u siječnju 2022. godine, sekvencirano je 5545 uzoraka.

U prvom tjednu siječnja udio omikron varijante u ukupnom broju sekvenciranih uzoraka bio je 56,4%, da bi u zadnjem tjednu siječnja 2022. godine udio omikron varijante dosegao 98,9% i tako gotovo u potpunosti istisnuo delta varijantu iz cirkulacije.

Od ukupnog broja omikron varijanti u siječnju 2022. godine, 1715 sekvenciranih uzoraka klasificirano je kao linija BA.1, 2767 kao linija BA.1.1 te 65 kao BA.2.

BA.1 je linija B.1.519, prva dokazana i klasificirana kao VOC.

BA.2 linija, za razliku od BA.1, nema deleciju 69/70 na S genu. Navedena mutacija ključna je za PCR probirni test koji zbog postojanja delecije 69/70  nije u mogućnosti detektirati S gen. Ta nemogućnost detekcije („ispad“) S gena (SGDT-eng. S gene drop out test) koristi se za PCR probir omikron varijante među pozitivnim uzorcima. Zbog izostanka del69/70, BA.2 se ne može dokazati „S gene drop out“ testom.

Trenutno najčešća podvarijanta omikrona u RH je BA.1.1 koju karakterizira dodatna mutacija na S genu (R346R) što joj dodatno povećava sposobnost izbjegavanja postojećeg imunog odgovora.

OGLASI
Upućujemo zdravstvene radnike na posljednji cjelokupni sažetak opisa svojstava lijeka na PLIVAmed.net-u.
Plivit C 1000 PlusMaxirinoIbuxin Rapid
OGLAS
Upućujemo zdravstvene radnike na posljednji cjelokupni sažetak opisa svojstava lijeka na PLIVAmed.net-u.
PLIVIT total energy
VIDEO GALERIJA
20:57
ONLINE TEČAJ

Pristupite online
testiranju: